A Universidade Pedagógica (UP) foi fundada em 1985 como Instituto Superior Pedagógico (ISP), por diploma ministerial no 73/85, de 4 de Dezembro, como uma instituição vocacionada para a formação de professores para todos os níveis do Sistema Nacional de Educação (SNE) e de quadros da educação.

A criação do ISP em 1985 resultou de uma visão estratégica assente na necessidade de melhor coordenar a formação de quadros para o sector da educação.
O ISP, em 1986, começou com apenas três Faculdades, nomeadamente: a Faculdade de Matemática e Física a oferecer a Licenciatura em Ensino de Matemática e Física; a Faculdade de História e Geografia, a disponibilizar um único Curso, a Licenciatura em Ensino de História e Geografia; e, a Faculdade de Pedagogia e Psicologia, responsável pela Licenciatura nessas duas áreas.

Em 1987, entra em funcionamento Faculdade de Línguas (actual Faculdade de Linguagem Comunicação e Artes) com, apenas, a Licenciatura em Ensino de Português e só mais tarde introduziu outras duas Licenciaturas, em Ensino de Inglês e em Ensino de Francês. Os Cursos de Línguas sempre tiveram um carácter monovalente, contrariamente às restantes.

Um ano mais tarde, em 1988, é criada a Faculdade de Química e Biologia, oferecendo uma Licenciatura bivalente que integrava as duas áreas científicas.
A expansão geográfica da instituição começa a ser consumada a partir de 1989 com a entrada em funcionamento da Delegação da Beira, ocupando as instalações da então Escola Comercial Patrice Lumumba. O ISP torna-se, então, na primeira instituição universitária a funcionar para além da capital do país.

Em 1991, as Faculdades até então criadas mudam de nome, como forma de:

i. Alargarem o espectro da sua actividade, possibilitando a integração de Cursos em novas áreas científicas e
ii. Responder com a integração de novas áreas/cursos às necessidades de formação de professores para outras especialidades e de profissionais para outras áreas. Assim, a Faculdade de História e Geografia passa a designar-se por Faculdade de Ciências Sociais, nome que manteve até 14 de Julho de 2014.

Em 1993, entra em funcionamento a Faculdade de Ciências de Educação Física e Desporto, oferecendo, na altura, uma única Licenciatura em Educação Física. Actualmente, esta Faculdade designa-se por Faculdade de Educação Física e Desporto.

A segunda Delegação da UP a entrar em funcionamento foi a de Nampula, em 1995, que começa a funcionar num pequeno edifício com cinco salas, incluindo alguns gabinetes. Mercê da sua rápida expansão e da procura de vagas no ensino superior de que a região norte do país se ressentia, rapidamente foi necessário encontrar-se mais espaços, para se acomodar os estudantes e os cursos. Em 1999, a UP consegue as instalações do ex-Instituto Médio Pedagógico, actual campus de Napipine.
Ainda em 1995, dez anos após a abertura da instituição, o ISP passa a Universidade Pedagógica com a aprovação dos Estatutos, ao abrigo do Decreto 13/95, de 25 de Abril. A transformação do Instituto em Universidade Pedagógica em 1995 correspondeu a uma segunda fase de redefinição de estratégias, de como realizar a sua missão de formação de técnicos para a educação e áreas afins. Nos finais dos anos 90 a UP define o seu futuro em termos de visão, objectivos estratégicos para garantir um ambiente de formação superior consentâneo com o ambiente dessa fase, caracterizado por uma reorganização do Sistema de Ensino Superior no país, incluindo a criação de um Ministério de tutela.

Em 2001, é criada a Delegação da UP em Quelimane, que instalou os seus serviços administrativos num apartamento tipo 4, no centro da capital provincial. As aulas realizavam-se em salas e outros espaços cedidos pelo Instituto Médio Pedagógico (IMP).

Em 2005 são criadas duas delegações, em Gaza e em Niassa. Aquando da sua criação, a UP- Niassa recebeu da Direcção Provincial de Educação e Cultura um apartamento tipo 2 que funcionou como sede da Delegação, enquanto as aulas eram dadas em salas alugadas no Instituto de Formação e Administração Pública (IFAPA). A UP- Delegação de Gaza instalou a sua sede na Escola Secundária Joaquim Chissano, enquanto decorriam as obras de construção das primeiras salas de aulas em Venhene, com o apoio da Unidade de Desenvolvimento de Educação Básica – Laboratório (UDEBA Lab).

Em 2007 é criada a Delegação da UP em Massinga, tendo ocupado as instalações da então Escola Primária 29 de Abril, que logo a seguir foram transformadas no que é hoje o campus.

Em 2008 foram criadas, simultaneamente, duas delegações, a UP- Delegação de Manica e a Delegação de Montepuez. Essas delegações estão ainda a funcionar em instalações provisórias. Para além destas Delegações, são criadas duas escolas superiores, a Escola Superior Técnica e a Escola Superior de Contabilidade e Gestão, responsáveis por oferecerem Cursos na área técnicoprofissional.

A partir de 2009, a UP já se encontra representada em todas as províncias moçambicanas com a recente instalação da Delegação da UP na cidade de Tete.
A FCTA, criada por despacho nº 19/GR/UP/010.2/2014 do Magnifico Reitor de 14 de Julho de 2014, é uma das unidades orgânicas da Universidade Pedagógica (UP), instituição pública do Ensino Superior, de âmbito nacional, com territorialidade efectiva, em virtude de estar representada em todas as províncias de Moçambique com a sua sede em Maputo

Actualmente, a UP encontra-se estruturada em seis Faculdades: Ciências da Educação e Psicologia (FACEP); Ciências da Linguagem, Comunicação e Artes (FCLCA); Ciências Naturais e Matemática (FCNM); Ciências Sociais e Filosóficas (FCSF), Educação Física e Desportos (FEFD), Faculdade de Ciências da Terra e Ambiente (FCTA). Para além das Faculdades existem, também, duas Escolas Superiores nomeadamente: Escolas Superiores Técnicas (ESTEC) e a Escola Superior de Contabilidade e Gestão (ESCOG). Estas unidades orgânicas oferecem cursos de formação de professores e não só. Os Cursos são ministrados em diferentes modalidades (presencial, semi-presencial e à distância) e em diferentes regimes (Laboral e pós-laboral).

Para além das Faculdades, existem as Delegações da UP, em todas as províncias moçambicanas, o que permite que os estudantes se mantenham, com maior facilidade, nas suas zonas de residência, o que fez diminuir, significativamente, os fluxos migratórios realizados em busca de uma oportunidade para frequentar o ensino superior.